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최고관리자 작성일26-09-11본문
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안녕하세요, 법률사무소 내일의 배지희 변호사, 정승원 변호사입니다.
국방시설, 산업단지 조성, 도로 확장 같은 공익사업에 땅을 내주고 보상금을 받으신 분들 중에는 막상 양도소득세 신고서를 받아 들고 당황하시는 경우가 적지 않습니다. 특히 정식 수용 절차인 "사업인정고시" 없이 시행자와 협의만으로 소유권을 넘긴 경우, 세무서가 "사업인정고시가 없어 감면 대상이 아니다"라는 이유로 세액감면을 거부하는 사례가 실제로 있었습니다. 최근 대법원이 이 쟁점을 정면으로 다뤘습니다.
한 줄 결론
공익사업 시행자에게 협의취득 방식으로 토지를 넘긴 경우, 별도의 사업인정고시가 없더라도 양도일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지라면 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 10% 감면을 받을 수 있습니다(대법원 2026. 9. 3. 선고 2026두30681 판결).
사건의 재구성
원고는 파주시 소재 토지를 1998년과 2005년에 각각 취득해 보유해 왔습니다. 국방시설본부장은 국방·군사시설부지 매입사업의 시행자로서 2022년 3월 이 사업에 편입된 토지에 대한 보상계획을 공고했고, 원고는 같은 해 5월 대한민국과 총 43억 9,790만 원 상당의 손실보상협의계약을 맺고 소유권을 넘겼습니다(협의취득).
원고는 처음에는 이 토지를 비사업용 토지로 보아 10% 추가세율을 적용해 양도소득세 약 13억 8,700만 원을 신고·납부했습니다. 이후 "사업용 토지이므로 추가세율이 적용되지 않아야 한다"며 경정청구를 냈고, 세무서는 사업용 토지라는 점은 인정하면서도 "이 토지에 대해서는 사업인정고시가 없었다"는 이유로 공익사업용 토지 양도소득세 감면(구 조세특례제한법 제77조 제1항)은 적용하지 않은 채, 감면분과 무관한 세액 약 1억 8,200만 원만 환급했습니다. 원고는 나머지 환급 거부 부분에 불복해 소송을 제기했고, 1심격인 서울고등법원(2026. 2. 6. 선고 2025누4120 판결)에 이어 대법원까지 다투게 됐습니다.
대법원의 판단
대법원은 세무서(피고)의 상고를 기각하고, 원심과 마찬가지로 원고 승소로 결론지었습니다. 핵심 근거는 세 가지입니다.
첫째, 협의취득은 형식은 사법상 매매계약이지만 실질적으로 수용과 같은 공법적 기능을 수행합니다. 토지소유자가 협의에 불응하면 결국 수용을 당하게 된다는 점에서, 협의취득과 수용을 세제 혜택에서 달리 취급할 이유가 없다고 봤습니다.
둘째, 조세특례제한법 제77조 제1항은 제1호에서 "양도"라는 포괄적 표현을 써서 협의취득을 포함하고 있고, "수용"이라는 표현은 별도로 제3호에 두고 있습니다. 즉 제1호는 애초에 사업인정고시라는 수용 전(前) 절차의 존재를 전제하지 않는 규정이라는 것입니다.
셋째, 조문 괄호 안의 "사업인정고시일(고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)"이라는 문구는 2년 보유기간을 계산하는 기준시점을 정한 것일 뿐, 사업인정고시가 반드시 있어야 한다는 요건을 만든 것이 아닙니다. 오히려 사업인정고시가 있어야만 감면된다고 해석하면, 공익사업에 일찍 협조해 협의로 넘긴 토지주가 끝까지 버티다 수용당한 토지주보다 불리해지는 불합리한 결과가 생깁니다.
법률사무소 내일의 실무 Insight
① "협의취득 = 감면 불가"라는 세무서 처분은 다퉈볼 여지가 큽니다. 사업인정고시의 유무가 아니라, 양도일로부터 소급 2년 이전에 취득했는지가 실질적인 감면 요건입니다.
② 경정청구가 거부되었다고 끝이 아닙니다. 이번 사건처럼 조세심판·행정소송을 통해 처분이 뒤집힐 수 있으므로, 거부 사유가 법리적으로 타당한지 먼저 검토하는 것이 중요합니다.
③ 감면율과 적용 대상 등 세부 요건은 개정이 잦은 영역입니다. 이 판결은 2023. 12. 31.까지의 양도소득에 적용되는 구법을 기준으로 한 것으로, 현재는 감면율이나 적용기한이 달라졌을 수 있습니다. 실제 보상·수용 절차를 진행 중이시라면 양도 시점 기준의 최신 조세특례제한법 규정을 반드시 확인하셔야 합니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 사업인정고시가 아예 없었는데도 양도소득세 감면을 받을 수 있나요?
A: 네. 대법원은 협의취득으로 토지를 양도한 경우 별도의 사업인정고시가 없더라도, 양도일로부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지라면 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에 따른 10% 세액감면이 적용된다고 판단했습니다.
Q. 세무서가 감면을 거부하는 처분을 하면 어떻게 대응해야 하나요?
A: 먼저 경정청구로 다투고, 거부처분을 받으면 조세심판원 심판청구나 행정소송을 통해 불복할 수 있습니다. 이번 사건처럼 세무서의 법령 해석이 잘못됐다면 소송에서 뒤집힐 수 있습니다.
Q. 협의취득과 수용은 세금 계산이 다른가요?
A: 2년 이상 보유, 공익사업 시행자에게 양도라는 핵심 감면 요건은 동일합니다. 다만 협의취득의 경우 사업인정고시 존재 여부가 감면의 필수 요건이 아니라는 점이 이번 판결로 명확해졌습니다.
Q. 보유기간(2년)은 어떤 시점을 기준으로 계산하나요?
A: 사업인정고시가 있다면 고시일, 없다면 실제 양도일을 기준으로 그로부터 소급해 2년 이전에 취득했는지를 따집니다. 통상 등기부등본상 소유권이전등기일을 취득일로 봅니다.
공익사업에 땅을 내주는 방식이 협의취득이든 수용이든, 세무서가 사업인정고시의 유무만으로 양도소득세 감면을 거부하는 것은 위법할 수 있다는 점을 대법원이 명확히 했습니다. 이미 감면을 거부당한 채 환급을 포기하신 분이 계시다면, 경정청구 기한이 남아 있는지부터 확인해보실 필요가 있습니다.
본 칼럼은 최신 대법원 판례를 바탕으로, 울산지방법원 앞 법률사무소 내일의 배지희 변호사와 정승원 변호사가 직접 분석하여 제공하는 법률 지식 정보입니다. 개별 사건의 구체적 사실관계에 따라 법적 판단은 달라질 수 있으므로, 정확한 권리 구제를 위해서는 반드시 방문 상담을 권장합니다.