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최고관리자 작성일26-08-21본문
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안녕하세요, 법률사무소 내일의 배지희 변호사, 정승원 변호사입니다.
법인의 주식이나 지분을 취득하여 과점주주가 되는 경우, 해당 법인의 부동산 등을 새로 취득한 것으로 보아 간주취득세가 부과됩니다. 이때, 세금을 줄이기 위해 법인 장부상 자산 가액을 낮추거나 평가충당금을 반영하여 경정청구를 진행하는 기업이 많습니다. 하지만 법인 장부에 평가충당금이 기재되어 있다는 사실만으로 과세관청이나 법원이 이를 모두 정당한 공제 항목으로 인정해 줄 것인가는 실무적으로 매우 중요한 쟁점입니다.
이번 칼럼에서는 대법원 2026두30758 판결을 통해 간주취득세 과세표준 산정 시 법인 장부의 신빙성 판단 기준과 실제 소송에서 대비해야 할 핵심 법리를 살펴보겠습니다.
사건의 재구성
원고(주식회사 ○○○개발)는 과점주주 간주취득세 납부와 관련하여 피고(김해시장)를 상대로 경정거부처분취소 소송을 제기하였습니다. 원고는 이 사건 부동산의 취득원가에서 자산의 평가충당금을 차감·공제하여 과세표준을 낮게 다시 계산해야 한다고 주장하며 경정청구를 하였습니다.
그러나 피고(김해시장)는 원고가 주장하는 평가충당금 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적인 자료나 근거가 부족하다는 이유로 이를 거부하였고, 이에 원고는 원심 부산고등법원을 거쳐 대법원에 상고하기에 이르렀습니다.
대법원의 판단
대법원은 원고의 상고를 기각하고 피고 승소 취지의 원심을 확정했습니다. 대법원은 구 지방세법 제7조 제5항 및 제10조 제4항에 따른 과점주주 간주취득세의 과세표준은 취득의제 당시 해당 법인의 결산서나 장부에 기재된 자산총액을 기초로 산정하는 것이 원칙이라고 확인했습니다.
그러나 법인 장부가액을 과세표준으로 삼는 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적다는 신빙성을 전제로 하는 것이므로, 신빙성을 인정할 수 없는 장부상 가액까지 무조건 취득세 과세표준으로 삼아야 하는 것은 아니라고 판단했습니다. 결과적으로 원고가 차감·공제를 주장한 평가충당금은 그 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적인 자료 및 근거가 제출되지 않아 신빙할 수 없으므로, 피고(김해시장)가 취득원가를 기준으로 간주취득세 과세표준을 산정한 처분은 정당하다고 판시했습니다.
법률사무소 내일의 실무 Insight
울산 및 양산 지역 등에서 기업 법인의 과점주주 간주취득세 분쟁이나 경정청구 소송을 준비할 때, 법률사무소 내일은 실무적 관점에서 다음 3가지 포인트를 반드시 체크해보시길 권유드립니다.
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장부 기재 자체보다 객관적 산정 근거 완비가 핵심입니다: 법인 장부에 평가충당금이나 손실충당금을 계상했다고 해서 세무서나 지자체가 이를 자동으로 인정해 주지 않습니다. 해당 평가액이 타당하게 도출되었음을 입증할 감정평가서, 회계감사 보고서, 객관적 거래 데이터 등 외부 증빙 자료를 사전에 철저히 확보해야 합니다.
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간주취득세 자진신고 가액도 정당한 과세표준 기준에 미달하면 재산정됩니다: 납세의무자가 스스로 과세표준을 신고했더라도, 구 지방세법상 정당한 과세표준 기준에 미달하거나 부적정한 경우에는 과세관청이 법인 장부 및 결산서를 바탕으로 정당한 가액을 재산정할 수 있습니다. 따라서 경정청구를 진행하기 전에 기존 신고가액과 장부가액의 신빙성 여부를 엄밀히 분석해야 합니다.
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지자체 과세처분에 대한 불복 시 입증책임 구조를 고려해야 합니다: 과세관청의 과점주주 간주취득세 부과에 대해 감액을 주장하는 경우, 과세표준에서 차감되어야 하는 항목에 관한 객관적 입증책임은 사실상 납세자 측에 요구됩니다. 정승원 변호사의 실무 경험에 따르면, 행정심판이나 행정소송 단계에서 감정절차나 객관적 회계 증빙 제출을 사전에 철저히 준비하는 것이 승소의 핵심 열쇠입니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 법인 회계장부에 기재된 평가충당금은 무조건 간주취득세 과세표준에서 공제되나요?
A. 그렇지 않습니다. 대법원은 법인장부에 기재되어 있더라도 그 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적인 자료나 근거가 제출되지 않아 신빙할 수 없다면 과세표준 공제 항목으로 인정받을 수 없다고 판단했습니다.
Q. 과점주주 간주취득세란 무엇인가요?
A. 법인의 주식이나 지분을 취득하여 과점주주(주식 총수의 50% 초과 소유)가 된 경우, 해당 법인의 부동산 등 취득세 과세 대상 자산을 직접 취득한 것으로 보아 부과하는 지방세입니다.
Q. 과점주주 간주취득세 산정 시 기준이 되는 자산가액은 언제인가요?
A. 과점주주가 된 시점(취득의제 당시)의 해당 법인 자산총액 및 결산서, 장부상 가액을 기준으로 과세표준을 산출합니다.
Q. 지자체의 간주취득세 경정거부처분에 불복하려면 어떤 증거를 준비해야 하나요?
A. 장부상 가액이나 공제 항목의 적정성을 객관적으로 입증할 수 있는 감정평가서, 신빙성 있는 회계 장부, 관련 계약서 및 객관적 입증 자료 등을 준비해야 합니다.
본 칼럼은 최신 대법원 판례를 바탕으로, 울산지방법원 앞 법률사무소 내일의 배지희 변호사, 정승원 변호사가 직접 분석하여 제공하는 법률 지식 정보입니다. 개별 사건의 구체적 사실관계에 따라 법적 판단은 달라질 수 있으므로, 정확한 권리 구제를 위해서는 반드시 방문 상담을 권장합니다.